Ada kejanggalan dalam tiga surat tersebut. Bagaimana mungkin seorang pilot baru masuk kemudian berada di bawah pengawasan langsung Dirut Garuda?
"Yang menandatangani surat itu Direktur Utama Garuda Indonesia yaitu Indra Setiawan yang melangkahi tiga kewenangan di bawahnya," tulis Suciwati.
Namun, Pollycarpus terbang ke Singapura pada 6 September 2004 malam dan pulang ke Jakarta keesokan harinya.Ketiga adalah surat yang dikeluarkan Garuda Indonesia pada 19 September 2004 dengan nomor 15/1177/04 yang ditandatangani oleh Wakil Direktur Keamanan Ramelgia Anwar.Dalam surat itu, Ramelgia memberikan kewenangan kepada Pollycarpus sebagai petugas keselamatan penerbangan untuk terbang ke mana pun.
Pemberitaan Harian Kompas 8 September 2004 menyebutkan, Munir meninggal sekitar dua jam sebelum pesawat mendarat di Bandara Schipol, Amsterdam, Belanda, pukul 08.10 waktu setempat.