Galaxy Z Fold 3 kini mendukung pemakaian S Pen yang dirancang khusus untuk ponsel lipat tersebut. Ada juga versi lebih canggih bernama S Pen Pro.
S Pen ini memiliki fungsi sama dengan aksesori serupa di ponsel Galaxy lain, yakni untuk menulis, menggambar, hingga bernavigasi. Hanya saja, desainnya lain dari yang biasa ditemukan di ponsel SamsungFlip Cover with Pen memiliki tempat khusus di sisi samping untuk menyimpan S Pen.berkesempatan mencicipi S Pen dan Galaxy Z Fold 3 sebelum peluncuran resminya pada 11 Agustus lalu.
Paket penjualan Galaxy Z Fold 3 sendiri tidak menyertakan S Pen. Stylus itu mesti dibeli terpisah, dalam paket yang menyatu dengan aksesori lain berupa flip cover yang memiliki tempat khusus untuk menyimpan S Pen. Berbeda dari Galaxy Note, Galaxy Z Fold 3 memang tak memiliki kompartemen penyimpanan S Pen. Tempat S Pen di flip cover bisa dilepas dengan cara digeser apabila diinginkan.
Perangkat S Pen Fold Edition sendiri berukuran lebih panjang dengan diameter lebih besar dibandingkan dengan S Pen milik Galaxy Note.